Bimbingan dan konseling merupakan pelayanan yang menunjang pelaksanaan pendidikan disekolah, karena program-program bimbingan dan konseling meliputi aspek-aspek tugas perkembangan individual, khusunya menyangkut personal dan emosional, sosial pendidikan serta kematangan karir.
Guru BK atau konselor sekolah di SD Muhammadiyah 2 Tarakan memiliki standart kualifikasi akademik sarjana pendidikan S1 BK dan juga pendidikan profesi konselor.